ولد في إشبيلية لعائلة أرستوقراطية, وتخصص في دراسة الطب ,وخدم في دولة المرابطين, ثم الموحدين, حيث عمل لدى عبد المؤمن ,وهو أول حاكم لدولة الموحدين, وكان من أسرة اشتهرت بالطب إلا أنه كان أشهرهم على الإطلاق,  بل ويعتبر أحد أكبر علماء الطب الإسلامي, وريما يعود ذلك إلى أنه منح كل اهتمامه للطب بخلاف ما كان دارجا في ذلك العهد من إلمام العالم بمختلف العلوم والآداب,و لقد كان له شهرة واسعة في أوروبا من خلال ترجمات مؤلفاته إلى اللاتينية والعبرية, ونحج ابن زهر في اكتشاف أن الجرب والحكة ناشئان عن طفيليات جلدية, وبذلك يعتبره المختصون مؤسس علم أمراض الطفيليات, وفي مجال الجراحة وصف ابن زهر جراحة القصبة الهوائية, واستخدام العنق خلال الجراحة كطريق للتغذية عبر البلعوم والمريء وكذلك اللجوء إلى التغذية بالحقن الشرجي بالسوائل كحل آخر عند تعذر التغذية عن طريق الفم, كما نجح في التشخيص السريري للأورام الخبيثة في منطقة الجذع ,والسل المعوي وأمراض التامور, وهو الغشاء المغلف للقلب, والتهاب الحنجرة والشلل البلعومي, كما نصح بمعالجة حثار العين (التراخوما) جراحيا بشق شريان الحثار وجراحة الماء الأزرق والأسود, وجراحة الكلية , وأمراض أخرى وردت في أعمال ابن زهر للمرة الأولى ,وكان له الفضل أيضا في الإشارة إلى أن هواء مناطق المستنقعات هو هواء فاسد, وكان صديقا للطبيب الفيلسوف ابن رشد, فاتفقا على تنسيق عملية التأليف في مجال الطب بحيث يكون نصيب ابن زهر تأليف كتاب : التيسير في المداوة والتدبير, ونصيب ابن رشد, تأليف كتاب: الكليات في الطب, وكان كتاب ابن زهر تطبيقي وخاصة في المداواة والحمية ويتسم بالتبسيط في حين أن كتاب ابن رشد تخصص بالقواعد العامة أو الجانب النظري من الطب, , ولابن زهر كتاب : (الاقتصاد في اصلاح الأنفس والأجساد) لخص فيه الأمراض وطرق مداواتها,، والنظافة الصحية, وله أيضا كتاب الأغذية, وله كتاب الجامع في الأشربة والمعجونات, ونظرا لما تميزت به انجازات ابن زهر الطبية من اكتشافات وابتكارات وتجارب ترجمة كتبه لأكثر من لغة, ولقد امتد أثره إلى مطلع القرن الثامن عشر, وكان يتميز بميل للمعالجة بالأدوية بدلا من الجراحة.